使徒行者2劇情介紹：卓凱（苗僑偉飾）前往泰國與香港CIB我弟聯手打擊泰國毒梟，就在警方完成任務準備撤離的時候，一場意外的爆炸凌卓凱手下的臥底全部陣亡。而CIB警察黎瑞權（張兆輝飾演）又被人暗殺，現在只留下一個還未正式成為我弟的女警鄭淑梅（黃翠如飾）由卓凱指導。為了查明好友黎瑞權死亡真相，必須將黎瑞權手下被刪除檔案的臥底全部找出來。卓凱和鄭淑梅便開始了尋找臥底的工作。
黑幫“長興”坐館魏德信（陳豪飾）為了重建幫會將過去幫會里面的叔父輩趕盡殺絕，歡喜哥（許紹雄飾）也差點喪命在這一次的絞殺中，不過妻子卻被魏德信的人殺掉了。歡喜哥偷偷潛入警署，將自己的臥底檔案刪除了，徹底成為了黑道大哥并成立了新的幫會“福和”。專門針對“長興”的魏德信。
卓凱這邊確認了樂少鋒（周柏豪飾）和徐天堂（袁偉豪飾）是黎瑞權被刪除檔案的臥底，為了加快尋找臥底的速度，卓凱親自潛入長興內部，結識了專門為魏德信處理黑錢的施嘉莉（宣萱飾），從而發現了長興更深層次的內幕。為了對付實力強大的長興，卓凱及手下臥底不得已與歡喜哥聯手。高層警官接連被殺的事情被警員陸SIR（陳嘉俊飾）發現，而卓凱與鄭淑梅也同時發現這一切可能是樂少鋒干的，樂少鋒身份被魏德信發現后慘被殺害！
長興與福和牽涉入一宗國際犯罪集團的洗錢活動中，魏德信設計令歡喜哥所有黑錢一夜之間不翼而飛，各地黑幫首腦都來向魏德信問責。這時卓凱布下天羅地網將各地準備將各位首腦一網打盡！